Der Atmel Mega 32 hat 4  Ein-/Ausgabeports zu je 8 Bit. Der Atmel Mega 128 hat 6  Ein-/Ausgabeports zu je 8 Bit und ein  Ein-/Ausgabeports zu 5 Bit.Jedes Bit der einzelnen Ports kann als Eingang oder als Ausgang konfiguriert werden. Da aber die Anzahl der Pins der Mega 32 Risc CPU begrenzt ist, sind zusätzliche Funktionen einzelnen Ports zugeordnet. Eine Tabelle der Pinzuordnung von M32 und M128 ist in der Dokumentation..

 

Es ist wichtig, vor der Programmierung die Pinzuordnung zu studieren, da wichtige Funktionen der Programmentwicklung (z.B. die USB Schnittstelle des Application Boards) auf bestimmten Ports liegen. Werden diese Ports umprogrammiert oder sind die zugehörigen Jumper auf dem Application Board nicht mehr gesetzt, kann es passieren, daß die Entwicklungsumgebung keine Programme mehr zum C-Control Pro übertragen kann.

 

Die Datenrichtung (Eingang/Ausgang) kann mit der Funktion Port_DataDir oder Port_DataDirBit festgelegt werden. Ist ein Pin als Eingang konfiguriert, so kann dieser Pin entweder hochohmig ("floatend") oder mit einem internen Pullup betrieben werden.  Schreibt man mit Port_Write oder Port_WriteBit eine "1" auf einen Eingang, so wird der Pullup Widerstand (Bezugspegel VCC) aktiviert, und der Eingang ist definiert.