Es stehen im C-Control Pro Mega 32 zwei, Mega128 drei unabhängige Timer-Counter zur Verfügung. Timer_0 mit 8 Bit und Timer_1 mit 16 Bit Timer_3 mit 16 Bit (nur Mega128). Timer_2 wird von der Firmware als interne Zeitbasis verwendet, und ist fest auf einen 10ms Interrupt eingestellt. Mann kann die internen Timer für vielfältige Aufgaben einsetzen: